钱谦益认为自己到了南京，还是能够受到非常多的支持的，至少东林书院的总部在南京，受到南京士子的支持是必然的，而且这些士子的影响力是很大的，利用这些士子鼓动南京城内各个阶层的支持，就能够很好的抵抗江宁营的进攻。当年袁崇焕苦手宁远城，击败了努尔哈赤和皇太极的数次进攻，从此在朝廷名声大震，钱谦益认为，自己一样能够做到这一点，让南京城坚如磐石，让苏天成无可奈何。
所以来到南京，钱谦益是满怀信心的，可惜的是，他与曹化淳之间的接触太少，而且对于京城里面发生的诸多事情，钱谦益是很不满意的，锦衣卫和东厂横行无忌，满朝文武大臣不敢多言，包括内阁都要注意，因为这种情况的影响，钱谦益压根没有想过尊重曹化淳。
钱谦益来到南京之后，没有鲜花的欢迎，遇到的第一件事情，就是孙泰替朱由菘伸冤，或者说是说明情况，这个时候，朱由菘自杀的消息，已经传到了南京城，对于南直隶诸多的官吏来说，打击是非常大的。
朱由菘的事情，钱谦益没有特别的关心，那是皇上钦定的事情，他不能够发表什么意见，但对于这里面的争斗，他还是能够分析出来一些的，朱由菘肯定是有冤屈的，当初皇上决定让朱由菘以兵部尚书的身份，统领南直隶的抵抗事宜，表面上看是重用朱由菘，其实这里面就是对朱由菘的怀疑，何况监军秦三德是秉笔太监，在宫里的地位不一般，明眼人就可以确定，实际上的战役部署，肯定是秦三德直接负责的。
朱由菘在回到京城的路上自杀了，秦三德毫发无损的回来了，而且没有受到任何实质性的惩罚，这也显得太不公平了。
钱谦益来到南京之后，首先关心的不是战役上的部署事宜，而是关心东林书院的情况，包括南京城内士子的想法等等，他没有首先见南京兵部尚书孙泰和凤阳总督马士英，却召见了不少的士子代表，这其中就有不少东林书院的学子。
跟随钱谦益一同到南京来的，还有都察院的监察御史黄廷平、易礼高和邹平章等人，谁都知道黄廷平等人，被称作东林三公子，是钱谦益的得意门生，这次钱谦益到南京来督战，带上自家的得意门生，可见态度之坚决。
召见南京的士子，可谓是盛况空前，因为黄廷平等人的得力组织，会谈是非常成功的，士子们众口一词，纷纷谴责苏天成的造反，还有情绪激动的士子，当场破口大骂苏天成，说苏天成是猪狗不如的东西等等，看见这样的态势，钱谦益是非常高兴的，他自诩为大儒，是文人之中的领袖级人物，当然注重文人的力量了。
不过孙泰的主动拜访，打断了钱谦益自信和高兴的情绪。
这段时间，孙泰的日子是不好过的，自从朱由菘和秦三德离开南京之后，主要的防御任务就是他直接负责了，尽管说做好了一切的准备，但孙泰内心还是没有底气，大概是因为苏天成和江宁营的名气太大了，而且在宁国府和松江府等地的战斗，明军败得太惨了。
得知朱由菘承当兵败的所有责任自杀的消息之后，孙泰简直不敢相信，他和朱由菘多次商议防御的事宜，有些时候，朱由菘也说到了自身的担心，可总是相信朝廷会秉公处理的，谁知道最终是这样的结局，孙泰绝不相信朱由菘会自杀，他认为这里面有着天大的冤屈。
所以在钱谦益来到南京之后，孙泰就坐着充足的准备，禀报南京城的防御部署的同时，也一定要替朱由菘伸冤，能不能达到目的是另外的事情，至少钱谦益能够在这方面表现出来态度，就是对南直隶官吏和军士的最大安慰。
朱由菘留下的书信，孙泰仔细保管着，不敢让任何人知晓，目前的情况还不明朗，这些书信是绝不能够泄露出去的，否则他孙泰恐怕也面临着巨大的危险了。
钱谦益来到南京，同样住在了官驿。有意思的是，曹化淳却是住在了皇宫里面，这就预示着，指挥南京保卫战的大帅和监军两人，有重大事情需要商议的时候，还需要下面的官吏去联系，确定两人见面商谈的地点。
看见孙泰进入到屋里的时候，钱谦益脸上是带着笑容的，其实他来到南京，首先需要见到的就是孙泰，了解南京的防御部署情况，不过在京城的时候，钱谦益隐隐听说了，孙泰和朱由菘之间的联系很是紧密，偏偏朱由菘自杀了，皇上也没有表明其他的态度，这样的情况下，钱谦益就要避嫌了，不能够和孙泰的联系过于的紧密。
简单的寒暄之后，孙泰开始汇报南京城的防御部署了。
这个过程之中，钱谦益有些心不在焉。
孙泰禀报了南京城的防御部署之后，很快转移了话题，说到了朱由菘的事宜。
“。。。大人，下官刚刚禀报的南京城的防御部署事宜，悉数都是朱大人安排落实的，下官只是协助，朱大人为了朝廷可谓是呕心沥血，下官都是看在眼里的，想不到朱大人却因为广德州和宁国府等地兵败的事宜，承担了主要的责任，其实这里面的缘由，下官都是知晓的，诸多的官吏和将士也是清楚的。”
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